就業規則に「休職期間満了までに復職できない場合は退職扱いとする。」という規定があることを前提とします。

離職証明書の離職理由欄はその他にチェックし、「休職期間満了による退職」と記載します。（添付書類：就業規則や退職通知書）
しかし、休職の原因が長時間労働やパワハラ等会社側にあるときや、会社が復帰を認めないときは不当解雇になります。